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魯南制藥集團堅持“以改革為動力，以市場為中心，以科技為先導”的經營指導方針，立足高端、自主創新，不斷推進重大項目產業化，大力實施科技創新戰略，以國家認定企業技術中心、博士后科研工作站為主體，搭建了國家手性制藥工程技術研究中心、哺乳動物細胞高效表達國家工程實驗室、中藥制藥共性技術國家重點實驗室、泰山學者崗位、院士工作站等研發平臺，形成了一個以博士、碩士為骨干的創新研發團隊。
科學技術是第一生產力，自主創新是第一競爭力，魯南制藥集團在建立自己的科研隊伍的同時，還與華東理工大學聯合組建了“魯華生物技術研究所”，與山東大學組建了“山大-魯南天然藥物研究院”、“超臨界流體技術研究所”，與上海醫藥工業研究院聯合組建了“魯南制藥—上海醫工院聯合實驗室”，與濟南大學聯合組建了“濟南大學—魯南制藥創新劑型研究中心”，先后與意大利、羅馬尼亞、美國、加拿大等多個國際知名院所以及等80余所國內知名院所建立了長期合作關系。
近年來公司先后承擔研究課題400多項，其中國家科技支撐計劃、國家863計劃、國家973計劃、國家重大新藥創制專項、國家火炬計劃、國家重點新產品計劃等項目50多項，120項科技成果通過專家鑒定，45項達到國際先進水平，61項達到國內領先水平，科學技術獎131項，其中國家技術發明獎1項、國家科技進步二等獎7項、山東省科學技術獎22項。已申報國內、國外專利申請3300件、授權1600件。以專利實力87.04位列中國企業專利500強榜單第43位。著作權登記6873件，已獲證書5069件；軟件著作權登記29件，已獲證29件。申請商標3169件，確權商標持有量2650件、馬德里商標1件；有效專利數量位居國內醫藥企業第1位，山東省制造業民營企業第2位，全國榜單第32位，被確定為“國家專利運營試點企業”“國家知識產權示范企業”。
